この制度は、「全日制の課程と定時制の課程又は通信制の課程との間において相互に併修へいしゅうする場合」について適用されるもので、元々は「生徒の履修りしゅうしたい科目が自校には設けられていないが他校では開設されている場合、学校間の協議により、自校の生徒が他校において一部科目を履修することを可能とし、他校で修得した科目の単位数を、生徒の在学する高等学校が定めた卒業に必要な単位数のうちに加えることができる」というものです。（この制度は、自校の全日制の課程と定時制の課程又は通信制の課程との間においても適用されます）

　そして、2021（令和３）年の学校教育法施行規則等の一部を改正する省令等の公布により、2021（令和３）年４月１日から科目の単位に加えて「総合的な学習の時間の単位をその対象に加えること」ができるようになりました。（「総合的な学習の時間」は、現在は「総合的な探究の時間」に名称変更されています）

　2021（令和３）年３月31日に文部科学省初等中等教育局長名で発出された「２文科初第2124号　学校教育法施行規則等の一部を改正する省令等の公布について（通知）」の「５　学校間連携及び定通併修の対象拡大について」においては、「学校間連携による授業の履修は、主として生徒が履修を希望する科目等が当該生徒の在学する高等学校等において開設されていない場合に行われることが考えられるが、当該高等学校等において開設されている科目等について、学校間連携によってより専門性の高い授業や特色のある授業を履修することも可能であること」とされ、学校間連携による履修は、従来の履修を希望する科目等が「開設されていない場合」に加えて、新たに「専門性の高い授業や特色のある授業を受けたい場合」にも適用されることになりました。

　さらに、この通知によって対象が拡大されたことに関して、2023（令和５）年５月８日に文部科学省初等中等教育局参事官（高等学校担当）付で発出された事務連絡「高等学校等における学校間連携等の実施に係る留意事項等について（周知）」では、Ｑ＆Ａの形で想定される活用事例や実施の際の手続きなどの留意事項等が示されました。

　なお、この制度は、後で説明する「定時制課程及び通信制課程の併修による単位認定」と違い、「大学、高等専門学校又は専修学校等における学修の単位認定」、「技能審査の成果の単位認定」及び「ボランティア活動等の単位認定」と合わせて36単位までという上限が設けられています。